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Se construyó entre 1858 y 1864, una época tardía por ser el primer templo católico de la ciudad de Berna. Se encuentra situada en las proximidades del Ayuntamiento (Rathaus).
El edificio es así el resultado de un concurso internacional que ganaron unos arquitectos franceses.
De esa manera, los planos del edificio vinieron desde Francia. Entre otros, participó Pierre-Joseph Edouard Deperthes, el arquitecto del famoso Ayuntamiento de París.
La primera celebración eclesiástica tuvo lugar el 13 de noviembre 1864. En 1875 la Iglesia de San Pedro y San Pablo se convirtió en un centro cristiano católico, a raíz de la Kulturkampf.
Las pinturas del techo y las ventanas de cristal son de la época del Art Nouveau; mientras que el coro se rediseñó recientemente, en 1998.