Berns erster römisch-katholischer Kirchenbau wurde 1896 nach der Reformation errichtet und der Dreifaltigkeit geweiht.
Die Hauptfassade ist inspiriert von der Kirche San Zeno Maggiore in Verona.
Nach der Reformation von 1528 in Bern, wurden alle Kirchen reformiert und die Ausübung katholischer Gottesdienste wurde verboten.
Das führte dazu, dass es offiziell im Bernbiet keine Katholiken mehr gab. Die wenigen zugewanderten Katholisch Gläubigen mussten heimlich in den Nachbarkantonen zur Messe gehen.
Mit dem Einmarsch der französischen Truppen Napoleons 1798 entstand die Helvetische Republik und damit das Recht auf freie Niederlassung und Religionsausübung.
In der Folge fand an Ostern 1798 die erste Heilige Messe für durchziehende Soldaten in der Kapelle des Burgerspitals statt.
In Folge der Kriegswirren und dem verlegen der Regierung von Luzern nach Bern, wurde auch den katholischen Abgeordneten, ein Teil des Berner Münsters, für die Ausübung ihres Kults zur Verfügung gestellt.
Mit dem Ende der Helvetischen Republik endete auch die religiöse Freiheit. Im Kanton Bern war einzig der reformierte Glaube gestattet.
Die Berner reformierte Gemeinde gestattete darauf den wenigen Katholiken die Mitbenutzung einer Hälfte der Französischen Kirche.
Bis 1848 mit der Einführung der neuen Bundesverfassung war der katholische Glaube unter strenger Aufsicht des protestantischen Kirchenrats mit Auflagen geduldet.
Danach wurde die freie Religionsausübung in der ganzen Schweiz und damit auch in Bern garantiert.
Von 1848 bis zum Bau der Dreifaltigkeitskirche 1896 allerdings wurden die katholischen Messen in verschiedenen Provisorien abgehalten.
Mit dem Bau der Dreifaltigkeitskirche mussten auch verschiedene Aufträge vergeben werden.
Nebst auswärtigen Firmen wurden auch mehrere Berner Firmen massgeblich am Bau beteiligt.
Nur die Berner Steinbrüche verweigerten wegen des andauernden Kulturkampfes der römisch-katholischen Gemeinde die Lieferung von Sandstein.
Deshalb wurde die Kirche nicht wie üblich in Bern aus Sandstein gebaut, sondern aus Granit und gelben Juragestein.
Am 4. Dezember 1898 erfolgte die Schlüsselübergabe und Einsegnung der Kirche durch Pfarrer Jakob Stammler.
Am Dreifaltigkeitssonntag, 18. Juni 1899 wurde die Kirche durch Leonhard Haas, Bischof von Basel und Lugano, in einer grossen Feier, der Heiligen Dreifaltigkeit geweiht.
Sie wurde wegen ihrer Bedeutung als hervorragendem Ort der Gottesverehrung und Frömmigkeit…, des Baustils sowie ihrer Ausstattung am 6. April 1956 im Auftrag von Papst Pius XII. zur Basilika minor ernannt.
